Hay tres teorías en general que tratan de explicar a los OVNIS. estas serían:
La teoría popular, especialmente en Norte América, es que los OVNIS son naves espaciales construidas y operadas por seres de otros lugares en el espacio exterior. Algunos investigadores rechazan la idea de que son vehículos espaciales y especulan que los OVNIS pueden ser otro tipo de aparato controlado inteligentemente. Estos aparatos pueden crear una imagen holográfica que la gente ve como algo inexplicable o pueden incitar al cerebro humano para crear una alucinación que el testigo interpreta como un verdadero OVNI.
Otra posibilidad es la de que lo que la gente ve como OVNI sea realmente portales o agujeros de gusano, que conectan diferentes partes de nuestra continuidad espacio-temporal y son usados por seres inteligentes para moverse entre diferentes puntos en el espacio-tiempo. Aunque la mayoría de los proponentes de la teoría de seres creen que la inteligencia detrás de los OVNIS proviene del espacio exterior. Otros creen que se origina en una dimensión distinta a la nuestra o dentro del mismo planeta tierra. Unos pocos investigadores creen que grupos secretos de científicos han desarrollado una tecnología más allá de las posibilidades de la principal corriente científica actual.
Todas estas ideas, incluidas la teoría de los seres del espacio exterior, aun cerecen de pruebas concluyentes y evidencia sin ambigüedad. Los individuos que son escépticos sobre la existencia de los OVNIS, dirigen sus críticas más directa y frecuentemente hacia la primera teoría. Ellos argumentan que las grandes distancias entre las estrellas harían casi imposible un viaje interestelar. Estos escépticos también creen que la gran variación entre las descripciones de los OVNIS y sus ocupantes, implicarían que muchos grupos de seres de otros planetas están visitando la tierra, lo cual consideran inverosímil. Ellos argumentan que los seres de otros planetas no serian tan misteriosos sobre sus actividades y entonces anunciarían su presencia de formas mas obvias. Finalmente los escépticos puntualizan que no existe evidencia innegable, tal como una fotografía autentica o mental de un OVNI, que pueda probar su existencia.
Otra teoría afirma que los OVNIS son fenómenos naturales inusuales. Los relámpagos en forma de bola son un espejo de un fenómeno extraño y aun no entendido completamente. Los proponentes de La Teoría de la Luz de la Tierra.. sostienen que tensiones geológicas en la corteza de la tierra producen bolas resplandecientes de gas ionizado que son expulsadas a la atmósfera. Ellos piensan que las propiedades de este gas (llamado plasma) puede producir extraños efectos en la gente que esta cerca, el plasma puede entonces estimular áreas del cerebro, produciendo alucinaciones muy vividas, las cuales pueden ser la base de los casos de rapto.
Los opositores argumentan que la teoría de la luz de la tierra no toma en cuenta todos los datos. Ellos no creen que las tensiones geológicas puedan crear un plasma con el tamaño, la forma y duración de los OVNIS reportados. Ellos también cuestionan si una alucinación inducida electromagnéticamente puede crear en el inconsciente cierto tipo de memorias reportadas por aquellos que han sido raptados.
Una teoría más propone que los OVNIS son el resultado de factores psicológicos o sociológicos. Muchos científicos, particularmente aquellos más escépticos a la existencia de los OVNIS, argumentan que todos los avistamientos son realmente percepciones erróneas de fenómenos naturales o aeronaves convencionales. Ellos dicen que estas percepciones erróneas son el resultado de la ignorancia de los testigos, su estado emocional, o su salud psicológica, o causados por condiciones ambientales inusuales que afectan adversamente la percepción del individuo.
Otros investigadores creen que las tenciones y agitación de la sociedad moderna han creado la necesidad en mucha gente de establecer contacto con OVNIS o seres de otros planetas. Ellos dicen que tal necesidad existe debido a que la sociedad moderna ha rechazado los valores y creencias, dejando a los individuos a la deriva sin dirección ni esperanza. A través de su creencia en OVNIS y en seres de otros planetas superiores tecnológicamente, alguna gente puede poner su fe en algo o alguien que pueda ayudar a la humanidad a resolver sus problemas y le devuelvan la razón de ser al mundo.
Los argumentos contra esta teoría apuntan a que los testigos usualmente describen sus avistamientos con cierto nivel de precisión y consistencia. Los reportes OVNIS de individuos emocionalmente perturbados son escasos y fácilmente identificables. Sin embargo, hay individuos que aseguran haber recibido mensajes de seres de otro planeta, siendo canalizados estos mensajes frecuentemente por medio de un estado de trance. Esto indudablemente proviene del sistema de creencia de los médium más que de un recurso aparentemente objetivo como lo es el fenómeno OVNI.
Cada una de las teorías tiene sus fortalezas y debilidades. Debido a la complejidad del fenómeno OVNI, las cuales pueden explicar al menos una parte del misterio. Únicamente más la investigación y nuevos datos, nos ayudaran a resolver el enigma OVNI.